Bij de bevrijding van Willemstad in 1944 werd de koepelkerk door 18 voltreffers ernstig beschadigd.
In oktober 1948 begon men met de ruim ƒ 125.000 kostende restauratie, die tot augustus 1950 zou duren. Op 7 september 1950 zou de kerk weer in gebruik worden genomen. De uitnodigingen hiervoor waren al de deur uit.
Er bleek echter nog een lekkage te zijn in het dak tussen de kerk en de toren. Op 29 augustus kwam een loodgieter dit euvel nog even verhelpen. Door een stroomstoring moest in plaats van een electrische soldeerbout gebruik worden gemaakt van een ouderwetse benzinebrander. Ongemerkt door de loodgieter moet het droge houten dakbeschot onder het lood vlam hebben gevat. Toen de rookontwikkeling te zien was, was het al te laat. De heersende wind wakkerde de vlammen aan en spoedig stond het dak in brand. Binnen een uur stond het hele gebouw in lichter laaie en brandde tot de grond toe af.
Het gehele interieur ging in vlammen op waaronder het uit 1775 daterende orgel, de eikenhouten preekstoel van 1608, de massief koperen kroon met 16 armen van 1636, heel het meubilair, waaronder de magistraats- en officiers-bank en de twee tekstborden met de Tien Geboden.
De torenhaan en de twee klokken werden deerlijk gehavend onder het puin terug gevonden. Alleen het avondmaalszilver en het wapenschild boven het orgel ontsnapten toevalligerwijs aan de brand, omdat deze voor een opknapbeurt uit de kerk waren gehaald.
Op 28 november 1952 kon de kerk na een herbouw periode van 2 jaar weer in gebruik worden genomen.
Zie ook onderwerp Koepelkerk op de website van de Protestantse Gemeente Willemstad.
